中国古代把恶性传染病称为“瘟疫”，已知的瘟疫种类很多，如天花、鼠疫、霍乱、斑疹伤寒、伤寒、麻风、疟疾等等。根据《中国救荒史》上的不完全统计，我国古代发生瘟疫的次数分别是：周代1次、秦汉13次、魏晋17次、隋唐17次、两宋32次、元代20次、明代64次、清代74次。从死亡的人数看，最为严重的是金朝开兴元年（）的大瘟疫，汴京在50天内死90多万人，还不包括因为贫穷不能下葬的人。面对如此严重的灾害，古人是怎么防疫的呢？
1、隔离病人
据云梦睡虎地秦简上的内容，在战国时期，对传染病已经有了隔离的立法。“城旦、鬼薪疠，何论？当迁疠迁所”，这说明对于具有传染性的麻风病，当时已经有了专门用于隔离病人的收容所。汉代继承了这一防疫措施。西汉平帝元始二年夏，“郡国大旱，蝗”，当时疫情严重，患者多，平帝下诏：“民疾疫者，舍空邸第，为置医药。”
晋朝时也有隔离的规定，据《晋书王彪之传》，“永和末(公元年)多疾疫，朝臣家有时疫染易三人以上者，身虽无疾，百日不得入宫。”意思是，一旦有朝臣家染上时疫，只要有三人以上被感染时，即使没有被染上的人，在百日之内也不得入宫。南北朝以后，这种隔离政策，一直是一个制度。
2、药物防疫
东汉马援出征交趾时，军中出现瘴疫，军医发现薏苡仁能在一定程度预防瘴气，令将士食用。唐代孙思邈在《千金要方》中指出：治疗和预防传尸病(肺结核)，可服用金牙散；“绛囊盛带之”可驱辟秽气。元代滑寿在《麻疹全书》中提出：在麻疹流行季节，可服用消毒保婴丹等预防。明代龚廷贤在《寿世保元》中列有“屠苏酒”方，“饮此酒以辟瘟疫邪气”。
3、饮食卫生
东晋葛洪在《肘后备急方·治瘴气疫》记载：“一家合药，则一里无病，凡所以得霍乱者，多起饮食。”这就告诉人们要重视生活环境和饮食卫生。宋代庄绰在《鸡肋篇》中说：“纵细民在道路，亦必饮煎水。”明代李时珍在《本草纲目》中说：“凡井水有远从地脉来者为上，有从近处江湖渗来者次之，其城市近沟渠污水杂入者成碱，用须煎滚，停一时，候碱澄乃用之。”这是强调注意饮水卫生。
4、环境卫生
唐代孙思邈的《千金药方》中有“常习不唾地”，这是强调不要随地吐痰的。宋代周守中的《养生类纂》载有：“沟渠通浚，屋宇洁净无移气，不生瘟疫病。”清朝王孟英在《霍乱论》中说：“人烟稠密之区，疫疠时行，……故为民及有心有力之人，平日即宜留意，或疏浚河道，毋使积污，或广凿井泉，毋使饮浊，直可登民寿域。”可见，古人已经意识到加强个人卫生和环境卫生能预防传染病。
5、种痘免疫
清朝《牛痘新书》载：“自唐开元间，江南赵氏始传鼻苗种痘之法”，不过由于医疗条件的限制，直接进行接种风险很高，“陈评事生一子，未几，种痘，夭”。北宋时期，用种痘术预防天花。年，康熙皇帝下诏在全国推广人痘法以预防天花流行。明朝万全在《痘疹世医心法》中写道：“至于疹子则与痘疹相似，彼此传染，但发过不再作耳”。