医易会通从理论上来说，应当有医影响于易和易影响于医两个方面。但就实际情况而言，虽然“易道广大，无所不包，旁及天文、地理、乐律、兵法、韵学、算术，以建方外之炉火，皆可援易以为说，而好易者又援以入易，易说至繁”（《四库全书总目提要》）。然医对易的影响，则主要在《易经》的形成期。《易经》的占筮几乎涉及人类生产、生活的各个方面，而关于疾病、孕育等的占筮，势必要借用当时的医药知识。如剥卦中的病因知识，豫卦中的诊治知识，萃卦对精神因素与疾病的反映，艮卦对调气养生过程的描述，咸卦对针石之术的记载等。后世虽有医家以医药之理阐发易理，但对易学的影响并不大。《易经》《易传》、易学对中医学发展的影响，则要广泛、深入得多。因此，也有人提出医源于易，其基本论点可总括为以下四个方面。
第一，《周易》的基本原理。郑玄《周易正义》将《周易》的基本原理概括为三点：“《易》一名而含三义，易简一也，变易二也，不易三也。”吴鞠通《医医病书·医字论》论医易关系说：“医者，易也。有不易之定理，有交易之变通，有变易之化工。”此乃医本于易的要义。
易简，是指把天、地、人复杂的现象和规律，统摄于最简要的原理之中，《庄子·天下篇》言：“《易》以道阴阳。”张介宾《类经·传忠录》则说：“医道虽繁，而可以一言蔽之者，曰阴阳而已。”说明中医学也是以阴阳这一易学的核心原理来把握复杂的生命现象，指导医学实践的。故马伯英认为：医易会通，指在哲学原理，特别是“阴阳辩证法”这一方法论基础上，医理与易理是相通的，甚至是同一的。
变易，体现了宇宙万物永恒运动的本质，它以阴阳的对立统一为基础，是阴阳在空间上的相互作用及随时间的变化。中医学广泛使用了辩证对偶的范畴，如阴阳、表里、寒热、虚实、升降等，并充分认识和运用了对立面相互转化的原理，提出了“升降出入，无器不有”的命题，认为“非出入，则无以生长壮老已；非升降，则无以生长化收藏”（《素问·六微旨大论》），均体现了变易之理。
不易，指阴阳变易中有相对不变的规则，如事物阴阳属性的确定，总以“水火者，阴阳之征兆也”《素问·阴阳应象大论》）为原则；中医的八纲辨证、治疗原则等，也是从临床变化中总结出来的不变之法。
恽铁樵在《群经见智录》中对医易相通之理曾有十分精辟的论述，他指出：“《内经》常言，少壮老病已，生长化收藏。此十字即《易》之精义。含生之伦，无论动植，莫不有少壮老病已，生长化收藏。而尤妙者，在生则必长，少则必壮，壮则必老，老则必已。已者自已，生者自生，万汇纷纭，绝无一刻停息，毕竟孰为之？孰令致此？则时序为之也。夏暖秋必凉，冬寒春必温，假使无温凉寒暑之变化，则无生老病死之变化。自今日言之，南北极终年冰雪，动植不生，殆尽于无变化者。古人虽不知有南北极，然早已洞明此理。
故《内经》全书言四时，其著者如彼春之暖，为夏之暑，秋之愤，为冬之怒，如敷和、升明、备化、审平、静顺各纪之类。《易经》则曰：‘法象莫大乎天地，变通莫大乎四时。’知万事万物无不变易，故书名曰《易》。知万事万物之变化，由于四时寒暑，四时寒暑之变化，由于日月运行。欲万物不变，非因时不行不可；欲四时不行，非日月不运不可。故曰《易》不可见，则乾坤或几乎息矣。乾坤毁，则《易》不可见矣。四时为基础，《内经》与《易经》同建筑于此基础之上者也。”
可见《黄帝内经》和《易经》都是研究阐发一年四时及万物变化之理的共同基础。四时的变化，是万物变化之所由；日月的变化，又是四时变化之所由。这种种变化又可归结为阴阳的变化，所以说《黄帝内经》与《易经》相通，它们都以四时为基础而论阴阳之变化。周继旨认为医易会通的理论中介是阴阳二气氤氲化生的宇宙观和方法论。《易传》的五个重要原理，一是既肯定“变动不居”，又在应用上“尚和、崇中”；二是“唯变所适”，强调变化的永恒性；三是“道器不离”“体用不二”；四是变化的自因和内因的观点；五是关于事物发展趋向预测判断的基本模式，即在吉、凶两端再加中间无咎的“三分法”。这些在《黄帝内经》中都得到进一步的发挥和发展。
第二，《周易》思维方式。《周易》符号系统与以阴阳概念为纲纪组成的范畴体系相结合构成的理论结构，为中国传统科学提供了宇宙秩序原理、方法论原则和科学观，是推动古代自然科学发展的强有力的杠杆。
一般认为，医源于易，主要是指易学的思维模型和思维方式对中医学的影响。就思维模型而言，有阴阳模型、五行模型及象数模型；就思维方式而言，主要有象数思维及辩证思维，后者又包括整体思维、变易思维和相成思维。
在中医学史上，从隋唐到明清，医易会通随着医家从自发到自觉，易学的哲学原理和思维方式，促进了中医学的发展。如杨上善著《太素》借重《易纬》；孙思邈《备急千金要方》强调《周易》六壬，贯穿着气、阴阳、三才统一的哲学思想；金元四大家中，刘完素认为易教体乎五行八卦，医教运乎五运六气，以水火既济喻生理，亢害承制论病理，调和阴阳论治法；张从正以《易》理阐发中医之五方用药、三因制宜、人身三部、病之三消；李东垣仿《易》“仰观俯察”之法，提出以两仪四象理解水谷气味出入变化，创立“升清降浊”之法，提出“人形象天”的命题；朱丹溪依据太极阴阳说，提出“阳变火动”的病因观和“主静养阴”的治疗观；张介宾首提“医易”之名，认为“《易》具医之理，医得《易》之用”，著《医易义》系统阐发二者的关系；李时珍《本草纲目》善用《周易》辩证思维和取象比类方法，探讨药物特性，进行药物分类，分析君臣佐使配伍以及用药火候的把握等；方以智贯易理于医理，熔义理与象数于一炉，以象数原理构建医易模型；吴鞠通以易理阐释病机，受卦爻象数启发，确立调济水火、协理阴阳、运坤阴、承乾健、镇震木等治法，拟制大、小定风珠、清宫汤、复亨丹、一甲、二甲及三甲复脉汤等；唐容川著《医易通说》，“为医学探源，为易学引绪”，结合易理阐释六经辨证等。均显示了易学对医学的广泛影响。
第三，易学范畴。易学范畴众多，对中医学影响较大者，当数太极。太极作为实体概念，首见于《易传·系辞上》，有宇宙本原的至高无上、至极无以复加之义。汉代易学家多以太极为元气，确立了太极为原初物质的意义；魏晋玄学以太极为“无”或“道”的别名；宋代周敦颐熔儒、道于一炉，从实体与属性相统一的高度，创“太极图说”，指出：“太极动而生阳，动极而静，静而生阴，静极复动。一动一静，互为其根。”提出了“太极—阴阳—五行—万物”的宇宙模式。朱熹则指出：“合而言之，万物统一太极也；分而言之，一物各具一太极也”（《朱子语类》卷九十四）。
太极和太极图说所揭示的阴阳一体的和谐模式，“物物一太极”的全息思想等，经过金元诸家的引申发挥，迄于明代，在中医学中发展成为论说人身太极的命门学说。孙一奎提出“动气命门”说，认为“命门乃两肾中间之动气，非火非水，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极。五行由此而生，脏腑以继而成”（《医旨绪余·命门图说》）。赵献可提出“肾间命门”说，认为“命门即在两肾各一寸五分之间，当一身之中，《易》所谓一阳陷于二阴之中……乃一身之太极，无形可见”（《医贯·内经十二官论》）。张介宾提出“水火命门”说，指出：“命门居两肾之中，即人身之太极，由太极以生两仪，而水火俱焉，消长系焉，故为受生之初，为性命之本”（《类经附翼·求正录》）。认为左右两肾合为命门，即真阴真阳，合为太极，主宰五脏。三种命门学说，尽管在具体内容上并不一致，但在太极主宰阴阳，并统一五行和三阴三阳等方面是一致的。因此，有学者认为，《易》、医与太极的关系，也是医源于易说的一大要点。
第四，象数推演模式。在易学中，象数与义理本来体用合一，前者为形式，后者为内涵，互为表里。但由象数说明、阐发的义理却有占筮与哲理两途，而且象数作为推演的中介因素，由于其无限类推而造成比附，一方面表现为对“类”的一种表象的理解，由此形成对宇宙或自然结构本身解释的牵强附会；另一方面，由于比附在不同的“类”之间建立了某种必然性的联系，反而限制了类比思维的自由联想。隋唐以至现代，医家在运用易学形而上的哲理与思维方式的同时，也有不少人借用象数推演模式，与人体机械对应，牵强附会，使实用的医学研究陷入空洞无聊的思辨，甚或走向歧途。如与汉代卦气说相关的五运六气学说，以天干、地支、五行为推演工具，来推测气候、物候及人体病候的变化规律；有的以八卦配人体脏腑器官，推论脏腑器官的生理、病理及病症治疗；针灸的奇经纳卦法、飞腾八法以日、时干支（后者只用时干支）配九宫八卦、八会穴，根据不同的时间取不同的穴位；子午流注也是按日时的天干或地支选取相应的五输穴和原穴，均是象数推演模式在医学中的反映。
现代也有医家热衷于象数推演比附，而提出所谓的“中国八卦医学”，有什么八卦脏象说、八卦经络说、八卦病因说、八卦诊断说、八卦辨证、八卦互体治法、八卦方剂配伍、八卦腧穴理论、八卦针灸取穴、八卦针刺手法、八卦气功修持等，并认为八卦医学原理与莱布尼兹二进制、爱因斯坦相对论、玻尔理论等有关。把不同时代、地域思想有一定相通性而毫无因果关系的事件混淆在一起，以哗众取宠；把兴趣和工夫集中在八卦、六十四卦的所谓预测功能上，希图用占卦为人诊治疾病，而取代四诊、八纲、辨证论治。更为可笑的是以药物名称笔画数、处方中药味数及剂量以附会八卦，推论方药的功能。如此医易会通，将活生生的人体生理、病理变化与药效学研究，填充在古代八卦的占筮构架之中，以占筮代替对疾病的诊治，以巫术代替医学，将对医药学的研究转换为对象数占筮的研究，势必造成中医学术的倒退。