对“补泻”和“阴阳”的不同认识来源于三种不同的中医药理论体系。
1.五脏“苦欲补泻”理论
中药的“补泻”理论，除《素问三部九候论》“实则泻之，虚则补之”这一“虚实补泻”理论外，尚有“五脏苦欲补泻”理论。该理论源于《素问藏气法时论》。论中指出：“肝欲散，急食辛以散之，用辛补之，酸泻之……心欲软，急食咸以软之，用咸补之，甘泻之……脾欲缓，急食甘以缓之，用苦泻之，甘补之……肺欲收，急食酸以收之，用酸补之，辛泻之……肾欲坚，急食苦以坚之，用苦补之，咸泻之。”后世医家在此基础上阐发了五脏的苦欲补泻，其中最有成就及影响的当推张元素。他将《素问》五脏苦欲补泻的理论与具体药物联系在一起，列举了苦欲补泻药例。如其《医学启源》中说：“肾欲坚，急食苦以坚之，知母；以苦补之，黄柏。”继张氏隅举药例后，其弟子李东垣又从脏腑四时生理特性的角度，对脏腑苦欲补泻进行补充阐发，认为：“肾膀胱，味，苦补咸泻；气，寒补热泻。”并在《东垣试效方》中作“药象图说”，图示：“肾沉藏”，以“苦寒补”，列举药物有：黄芩、黄连、黄柏、大黄、苦参、防己、葶苈。其后王好古《汤液本草》之“五脏苦欲补泻药味”，李时珍《本草纲目》之“五脏五味补泻”均收录了张元素所举药例，从而进一步扩大了该理论的影响。
明代张景岳《类经》、缪希雍《本草经疏》、李中梓《医宗必读》及清代景日昣《嵩厓尊生书》等，对五脏苦欲的缘由作了许多解释和补充。如张景岳说：“顺其性者为补，逆其性者为泻……”，缪希雍说：“苦欲者，犹言好恶也。违其性，故苦，遂其性故欲。欲者……即补也，苦者……即泻也。补泻系乎苦欲。”这就说明了“苦欲补泻”之补泻，与“虚实补泻”之补泻，是来源于不同理论的概念。其所谓“补”，是指顺其脏腑之性而言，即药物功效顺应当时脏腑生理状况和符合当时脏腑病理需要时，视之为补，否则即为泻。这就能解释黄柏、苦参等现代看来并无“补阴”功效的药物，何以不少医家言其有“补阴”之功，也能理解东垣将黄连、黄芩、大黄等药列为“苦寒补肾”的含义，而站在不同“补泻”立场的争议也可自然冰释。
2.以精气分阴阳，则阴阳不可离
在中医学中，“阴阳”的概念虽是明确不无疑的，但阴阳所指则是变动不居的。诚如朱丹溪在《局方发挥》中说：“阴阳二字，固以对待而言，所措无定在。或言寒热，或言气血……”。当以阴阳代指“阴精”与“阳气”时，则阴阳二者密不可分。这就是古代哲学中的“元气”说或“精气（有时亦单称“精”）”说。如《论衡》：“元气未分，浑沌为一”，“人之所以生者，精气也。”《圣济经》对此表述为：“觉此而冥焉者，合阴阳为一德，知此而辨焉者，分阴阳于两仪。”张景岳说：“盖阴不可以无阳，非气无以生形也；阳不可以无阴，非形无以载气也……。此所谓元阴、元阳，亦曰真精、真气也。”徐灵胎在《杂病原阴阳》中说：“道产阴阳，原同一气。火为水之主，水为火之源，水火原不相离也……其在人，即元阴元阳，即先天之元神元气也。”张景岳更明确指出：“以精气分阴阳，则阴阳不可离。”当依据这一理论来认识药物“补阴”功效时，则所谓补“阴”，实指补阴阳浑沌为一之“精”，即肾中“元阴”。这既是“善补阴者，必于阳中求阴”治则的立论依据，也可据此理解何以“温”性药也可补“阴”如熟地、制首乌之类，从而消除了以“阳（温）药补阴”在理论上枘凿不合的问题。至于将枸杞、菟丝子之类阴阳双补之药，列为补阴或补阳药，更不难理解了。而其他药如鹿茸、海狗肾之类既补阳又益精之药也可作如是观。
3.以寒热分阴阳，则阴阳不可混
在中医理论中，当以阴阳分指寒热时，则是以寒热作为阴阳的病理表象。即阴阳消长失去平衡时，人体就表现出寒热的症状。这就是《内经》所谓“阳虚则外寒，阴虚则内热”，“阳胜则热，阴胜则寒”。因此在中医认识和治疗疾病过程中，十分重视对“阴阳”的辨证。如张景岳说：“阴阳既明，则表与里对，虚与实对，寒与热对，明此六变，明此阴阳，则天下之病，固不能出此八者。”（《景岳全书传忠录》）。在治疗上，对“阴虚内热”之证，则应“壮水之主，以制阳光”。不能以温性之药助阳损阴，而应据“证有阴阳，……药有阴阳”（《景岳全书阴阳篇》）合理用药。这就要求对阴阳寒热的辨证不可差谬。为此张景岳在《类经》中将这一理论总结为：“以寒热分阴阳，则阴阳不可混。”根据这一理论认识药物“补阴”功效时，认定的是药物对“阴虚则热”证候的治疗作用。因此，其补阴实为“滋阴清热”，药物性味自然应是甘寒或咸寒为主。这可以说是中药教材“补阴”药为何实为“清补”药的理论所本。虽然“清补”并不能等同“补阴”，但因约定俗成，已被广泛接受。
鉴于“补阴”这一术语在实际应用中所指含义不一，因此有必要进行规范，以利于对不同药物实际“补阴”功效的正确理解，也便于教材编写时避免理论上不相容的问题。根据“补阴”功效认定的不同理论来源，建议将源于“苦欲补泻”理论的“补阴”功效，称为“坚阴”；源于“精气阴阳”论的“补阴”功效称为“补精”；源于“寒热阴阳”论的“补阴”功效，虽其实际为“清补”，但因其使用已久，影响深广，仍沿称“补阴”而不必改易。