药与酒之间的紧密联系我们在此前已经谈及甚多，作为集古代药学成果于大成、被誉为“东方药物学巨典”的《本草纲目》中对于酒的记载更是繁如天星，充分说明了酒在中华医药学史上所占据的重要位置。
成书于明代的《本草纲目》既是对古代药物学的系统总结，又是中国医学史，尤其是药学史上的一次伟大创新。作者李时珍的这一成就极大地促进了我国乃至世界传统医药及其文化的发展。《本草纲目》所载药物博大精深，其中酒药的内容详实而科学，其所收录记载的种药物中，涉及与酒同用者高达百分之九十五以上。
我国是世界上最早发明酒的国家，其谷物酿酒史可上溯到新石器时代。李时珍则是明确了酒的医疗应用最早被载入《黄帝内经》：“《本草》已著酒名，《素问》亦有酒浆，则酒自黄帝始，非仪狄矣”。
《本草纲目》在分类记录上首创当时世界先进的药物分类法，并融入了科学的生物进化的思想，即不仅采用了“析族区类，振纲分目”的分类法，而且在部类贯穿了“从微至巨，从贱至贵”的原则。由于酒的类别比较复杂多样，所以时珍根据其酿制法、品色、药用价值等方面的不同，结合常饮和入药两大用途，分别在释名、集解及附方等板块中进行分类。例如，按酿造原料分为秫、黍、粳、糯、粟、曲、蜜、葡萄等酒类;按酿造时间分为糟底酒、老酒、春酒;又按药用配方分为五加皮酒、薏苡仁酒、牛膝酒、枸杞酒等诸多酒类。李时珍对酒的系统分类，为后来酒在食用、医疗、药用价值方面提供了较科学的应用标准。
根据酒的不同酿制方法，李时珍总结了酒的两大来源，“凡作酒醴须曲，而葡萄、蜜等酒独不用曲”，即采用曲酿和非曲酿两种。其中曲酿法的原料，以“糯为上，稷为中，粟为下”为原则，而且提出了入药之酒，“专用糯米，以清水白面曲所造为正”，其功用显著，品味纯正。同时，时珍根据酒醴和曲蘗的不同：“酒则用曲，醴则用蘗”，针对当代的酿酒方法提出质疑，“以蘗造者，盖止是醴，非酒也”，如果以醴代替酒，不仅气味相距甚远，而且入药也达不到酒的效果，从而明确了酒曲是曲酿法酿酒的核心要素。
有趣的是，李时珍在《本草纲目》中还针对饮酒一事表达了自己的看法：“夫醇酒性大热，饮者适口，不自觉也。理宜冷饮，有三益焉。过于肺，入于胃，然后微温。肺先得温中之寒，可以补气。次得寒中之温，可以养胃。冷酒行迟，传化以渐，人不得恣饮也。”可以说，在科学识酒、科学饮酒这方面，李时珍的见解是一阵见血的