《神农本草经》，简称《本草经》或《本经》，是我国现存最早的药物学专书。首载于梁代阮孝绪的《七录》《隋书·经籍志》也提到《神农本草经》有五卷、四卷本。但前两书均未交代该书的作者与成书年代，关于这个问题一直有所争议。陶弘景《本草经集注》指出:“旧说神农本经，余以为信然...今之所存，有此四卷，是其本经，所出郡县乃后汉时制，疑仲景、元化等记。北齐颜之推提出此书系神农氏所作，只是经过后人的增删整理，掺杂了新内容，才乱了本书的原貌。晋，皇甫谧则认为是岐伯或伊尹所撰。上述说法均因文献证据不足，而尚有异议。
该书的成书年代有战国说、秦汉说、东汉说。从《本草经》的具体内容分析,所记采药时月都是以寅月为岁首。秦和汉初实行的是颛顼历，当时是以亥月为岁首的，直至汉武帝太初元年改历以后才改成以寅月为岁首。正如陶弘景所指出的那样:“本草时月，皆在建寅岁首，则从汉太初后所记也。”另外，晋人嵇康、皇甫谧等皆引用或提到过此书的内容，说明本书在西晋以前就有流传。书中又多重视养生、服石、炼丹，还有神仙不死之类的说教，与东汉时期的社会风气颇相吻合。
综合有关资料，我们认为,《神农本草经》并非出自一时一人，大约是秦汉以来许多医药学家不断搜集药物学资料，直至东汉时期才最后加工整理成书的。书名冠以神农，一是因为古代有“神农尝百草”发现药物的传说，二是受当时尊古之风的影响。正如《淮南子·修务训》所说:“世俗之人，多尊古而贱今，故为道者，必托之神农、黄帝而后能人说。
《神农本草经》的原著已于唐代初年失传，现今流传的本子是后人从《证类本草》及《本草纲目》等书中辑录出来的。流行版本较多，其中以孙星衍、孙冯翼叔侄合辑本较完善。
《神农本草经》收载药物种，其中植物药种，动物药67种，矿物药46种。之所以收药种，是为了“法三百六十五度，一度应一日，以成一岁《神农本草经》将药物按性能、功效的不同，分为上、中、下三品。“上药一百二十种为君，主养命以应天，无毒，多服久服不伤人，欲轻身益气不老延年者，本上经。中药一百二十种为臣，主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜，欲遏病补虚羸者，本中经。下药一百二十五种为佐使，主治病以应地，多毒，不可久服，欲除寒热邪气破积聚愈疾者，这是中国药物学最早、最原始的药物分类方法，对指导临床应用有一定的意义。
《神农本草经》较为详尽地记载了药物的功效，特别是有关植物药的记载。如人参“主补五脏，安精神，定魂魄，止惊悸，除邪气，明目，开心，益智，久服轻身延年”;菊花“主风，头眩肿痛，目欲脱，泪出，皮肤死肌，恶风湿痹，久服利血气”。其中对许多药物的认识，千百年来在长期临床实践中得到反复的检验，一直沿用至今，如人参补益、麻黄定喘、黄连止痢、黄芩清热等。
并且，该书所载主治病证有多种，涉及内、外、妇、五官(眼、喉、耳、齿)等各科。如《序录》记载:“夫大病之主，有中风、伤寒、寒热、温疟、中恶、霍乱、大腹水肿、肠避下利、大小便不通....”足见其记载主治病证之广泛。
《序录》写道:药有君、臣、佐、使，以相宜摄合和，宜用一君二臣三佐五使，又可一君二臣九佐使也。”这就告诉我们，任何一个方剂，并非药物随意堆砌，而有一定的组方规律。方中既有君药、臣药，还有协助君药、臣药起作用或在整个方中起调和、控制或引导作用的佐使药。虽然书中所提君、臣、佐、使各药的味数未免有些机械，但作为总的组方原则，却一直为后世医家所遵循。《序录》指出:“药有阴阳配合，子母兄弟，根茎花实，草石骨肉;有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者，凡此七情，合和时(一作‘视’，按:当以视为是)之，当用相须相使良。若有毒宜制，可用相畏相杀者，不尔，勿合用也。”可见，并不是所有药物都可以配合使用。有的药物合用后，能相互加强作用，如相须、相使，有的药物配用后一种能抑制另一种的毒性，如相畏、相杀而有些药物合用后，会产生剧烈的毒副作用，则不应同用，如相反、相恶。《本经·诸药制使》对近种药物的配伍宜忌予以说明。如“丹砂恶磁石，畏咸水”等。《序录》写道:药有酸、咸、甘、苦、辛五味，又有寒、热、温、凉四气，及有毒无毒，阴干暴干，采造时月，生熟，土地所出，真伪陈新，并各有法。这就是说，医者既要了解药物四气五味及有毒无毒等情况，还要熟悉每种药物适宜的采集时间、成熟程度，收藏药物时，要注意宜阴干或宜晒干，同时要善于鉴别药物的真伪新陈及质量优劣。另外，关于药物制剂，书中指出:药有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜膏煎者，亦有一物兼宜者，亦有不可入汤酒者，并随药性，不得违越。
在临床用药的指导思想上，《神农本草经》主张:凡欲治病，先察其源，先候病机，五藏未虚，六府未竭，血脉未乱，精神未散，食药必活。若病已成，可得半愈。病势已过，命将难全。并指出药物并非万能，贵在可治之时尽早防治。
关于临床用药原则，《序录》指出:疗寒以热药，热以寒药，饮食不消以吐下药，鬼注蛊毒以毒药，痈肿疮瘤以疮药，风湿以风湿药，各随其所宜。在用药方法上，《序录》提出:病在四肢血脉者，宜空腹而在旦，病在骨髓者，宜饱满而在夜。这些原则和方法，多为后世医药学家所借鉴。
总之，《神农本草经》是集东汉以前药物学大成之作，它系统地总结了秦汉以来医家和民间的用药经验，不仅为我国古代药物学奠定了基础，对后世药物学的发展也有着重要影响。魏晋以后历代诸家本草学都是在该书已有成就的基础上发展起来的。书中所载药物大多临床有效，其所述药物学理论、药物功效主治及用药原则方法，至今仍有相当一部分内容是值得继承和发扬的。但是，限于当时的历史条件和科学水平，书中也不可避免地存在一些错误。由于东汉时期神学盛行，因此，书中也掺杂了一些神仙道教思想的内容。例如,水银...久服神仙不死，紫苏....久服轻身不老，延年神仙，泽泻....久服耳目聪明，不饥，延年轻身，面生光，能行水上等。这些在一定程度上反映了历史的局限性。