看晚清历史，有一个极具争议的问题一直惹得人们各种翻史料去论证，那就是光绪皇帝是怎么死的？光绪皇帝的死一直是历史的一大悬案，有人说死于疾病，有人说死于政治阴谋，很多历史学者对此也莫衷一是。
年11月14日，38岁的光绪皇帝在北京中南海瀛台含元殿离世，而在光绪死的第二天，74岁的慈禧太后也病死了。这让人不得不浮想联翩，为什么年轻的光绪皇帝反倒死在了风烛残年的慈禧之前？两人差着几十岁的年龄呢，怎么可能无缘无故前后脚去世？而且，只相差一天。而且两人相继离世预示着长达两千多年中国专制帝制的崩塌，影响了中国历史后来的走向。但关于光绪的死因，近百年来却众说纷纭，正常死亡抑或被害而死的说法也一直争论不休，成为近代史上的一桩谜案。
首先来说，以前长时间正式的解释是病死，因为谁也无法拿出证据证明光绪的去世确实是有人阴谋所为。但是这个问题在十年前已经算是可以下定论了，据清西陵文物管理处负责人介绍，光绪皇帝坟墓(清西陵的崇陵)曾被打开，后来清理封闭，留下若干头发、遗骨和衣服等由该处妥善保存。为解开“光绪之死”这一历史谜案，从年开始，中央电视台、清西陵文物管理处、中国原子能科学研究院、北京市公安局法医检验鉴定中心等单位的领导和专家组成了“清光绪帝死因”专题研究课题组。
据介绍，专家们历时五年，由光绪帝发砷入手，利用“中子活化”、“X射线荧光分析”“原子荧光光度”等一系列现代专业技术手段，通过开展对比、模拟实验、双向图例等工作，对清西陵文物管理处提供的光绪遗体的头发、遗骨、衣服以及墓内外环境样品进行了反复的检测、研究和缜密的分析。经科学测算，光绪的头发截段和衣物上含有剧毒的三氧化二砷即砒霜，在《本草纲目》的记载里，砒霜是可以入药的，其中有一条是说可以治疗咳痰。光绪帝生前的确经常“胸闷咳嗽”，因此，也不能排除太医们以砒霜入药来治疗皇帝的“胸闷咳嗽”。而其腐败尸体仅沾染在部分衣物和头发上的砒霜总量就已高达约毫克。根据相关研究，常人口服砒霜六十至二百毫克就会中毒身亡。光绪帝摄入体内的砒霜总量明显大于致死量。其胃腹部衣物上的砷是其含毒尸体腐败后直接侵蚀遗留所致，而其衣领部位及头发上的大量砷，则由其腐败尸体溢流侵蚀所致。绝非正常生病服用药物的量，足以证明光绪皇帝之死确实是有人下毒所致。
年十一月十四日是光绪帝去世一百周年，“光绪死因”在此时得以确证，别具历史意义。那么，是谁毒死了光绪帝？凶手有以下几个人：1.慈禧太后2.袁世凯3.李莲英4.崔玉贵5.隆裕皇后。究竟这些人为什么要费尽心思毒死光绪呢？恐怕各怀心思，最不可理解的是这其中还包括自己的妻子。当然这些人当中最有动机的还是慈禧太后和袁世凯。
首先，慈禧是第一嫌疑人。提起慈禧这个名字，可以说是妇孺皆知，虽然她早已去世多年，但有关她的话题却从未停止，而且人们对她的态度往往是深恶痛绝，各种关于她的传言也是不堪入耳。现在人们普遍认为是慈禧太后在临死前，眼看自己活不长了，也不想让她的政敌光绪活着，至少要让他死在自己前面，所以找人先给光绪下毒。这一传言在纯古龙香水的《追缘——一段被故宫所隐藏的历史》中得到印证，不过慈禧杀害的光绪帝真假有待商议。书中提到光绪确实是中砒霜而死，而且根据启功先生的回忆，很有可能是慈禧授意派人毒杀光绪的。但是这个被慈禧毒杀的光绪却不一定是真正的光绪，这篇故事里写的是在庚子之变珍妃跳井的那天晚上光绪就服毒自尽，而庚子之变后的光绪只不过是个替身，所以慈禧将其永久囚禁于瀛台，而且在自己死之前一定要将他毒死。但是毕竟时光境迁，谁也不能绝对肯定光绪帝的真假，也不能肯定光绪之死一定就是慈禧所为。
而据清朝末代皇帝溥仪回忆的情况却是这样的：溥仪回忆中提到，他听一位老太监给他讲光绪帝去世前后的宫内情形。光绪帝确实生病了，但是只是平常的感冒而已，吃的药也都是内务府按照严格流程开出来的，并没有什么异常，在光绪死前一天他们还看到皇帝好好的，站在屋里说话。光绪的突然死亡他们也感到震惊，后来才知道是因为用了一剂药，而这个药是袁世凯派人送的。如果按照老太监的说法，那光绪帝死应该就是袁世凯所为了。但溥仪自己也无法绝对证实此事，他也提到了传说是慈禧毒死光绪的事情，他说这也有可能，因为慈禧确实有这个动机，但溥仪说：“我更相信的是她在宣布我为嗣皇帝的那天，还不认为自己会一病不起。”溥仪认为，慈禧之所以挑选他的父亲做摄政王，就是觉得比较听话，这样慈禧还是可以为所欲为。“在她来说当了太皇太后固然不便再替皇帝听政，但是在她与小皇帝之间有个听话的摄政王，一样可以为所欲为。”所以从溥仪的回忆来看，他应该是更相信不是慈禧太后毒死了光绪，而是袁世凯干的。
为什么会说袁世凯毒死光绪呢？因为八国联军期间，袁世凯违抗朝廷的命令，不但不打洋人，反而镇压义和团，是汉奸行为。由于袁世凯帮助了洋人，后来洋人也帮助袁世凯害，毕竟袁世凯代表了洋人的利益，因此，积极扶持袁世凯，给了袁世凯大量的贷款，袁世凯于是成了当时清朝最强的军事势力。袁世凯所做的一切都是为了保存自己的实力，最终目的是夺得皇位，他真的最后成功了。虽然慈禧与光绪帝之间不和是真，可毕竟想要护国的目的是一样的。试想，如果光绪不死，光绪不是个糊涂的皇帝，他当时有人望的，尤其是洋人欣赏光绪，光绪上台，不会有大的政治波动。而如果暗杀了光绪，新任皇帝，无论是成年人或者是个孩子，都势必引起政治上的震动，袁世凯正好利用这个机会篡权。傅仪前半生上说是袁世凯害死的，因为袁世凯把光绪的百日维新破坏了，怕光绪上台后杀他的头。实际上，梁起超的两个学生回忆说，袁世凯确实在当时主动和他们接触，来往密切。袁世凯害死光绪帝，不仅关系自身的生死攸关，也关系能否获得日本支持登上权力顶峰。所以可能在光绪身边安插眼线，雇凶杀人。
李莲英和崔玉贵是太监，太监本来就比较容易接近皇帝，而自古以来太监在众人的眼中都是趋炎附势之人，如今看到朝廷大势已变，必然会听取有心之人的差遣，这时候，容易接近皇帝这一优势就能成为那些想要谋朝篡位之人的嫁衣。最后一个，隆裕皇后最容易被忽略，但是她有最便利的作案条件。她也有作案动机。此时慈禧年岁已高，加上病如晚期，一旦慈禧死了，光绪就会废掉她的皇后之位，而且，她经常帮着慈禧欺负光绪，所以，光绪一旦重新掌权，对她很不利。而且，她经常在慈禧面前说珍妃的坏话。无论是慈禧、袁世凯、李莲英、崔玉贵，他们任何一个人下毒，都要通过隆裕皇后才可能下毒成功。所以，隆裕皇后的嫌疑也很大。