《黄帝内经》、《难经》、《伤寒杂病论》、《神农本草经》的出现，使中医学理论体系的发展初具规模，从此医学呈现出较快发展的趋势。两晋隋唐时期，基础理论和临床学科有了较大的发展，出现了《脉经》、《针灸甲乙经》、《诸病源候论》、《千金要方》等著名医书。两宋金元时期，学派分争，学术活跃，产生了陈无择的“三因学说”和寒凉、攻邪、补土、滋阴学术流派，使中医理论有了突破性的进展。明清时期，中医学的发展进入到学科分化，医学集成的阶段；同时《本草纲目》巨著问世，“命门学说”、“瘀血理论”及温病学派的兴起，使中医学理论体系得到了进一步的深化并日趋完善。近现代时期，中医学理论在自身发展的同时，逐步走向中西医理性结合发展的新思路。该理论体系主要由中医基础医学、中医临床医学和中医养生康复医学组成，其中中药学、方剂学是中医基础医学的主要部分，而针炙学是中医临床医学的重要组成部分。
（一）基础医学
中医的基础医学，主要是研究、阐述中医学的基本概念、基本理论、基本规律和基本原则，是以脏腑经络、气血津液、病因病机为理论基础，以精气、阴阳、五行理论为基本方法，以整体观念和辨证论治为主要特点的医学学科。
《黄帝内经》创立的诊脉方法，是中医诊法内容的重要组成部分，《难经》予以发展和弘扬。晋代王叔和的《脉经》在总结前人脉诊知识的基础上补充了新的内容，详述了24脉法，使《内经》、《难经》确立的诊脉方法得到实施和推广。隋朝巢元方的《诸病源候论》对病源、症状及其形成机理的研究达到了空前的水平，其中诸如对糖尿病、脚气病、麻风病的认识十分准确，该书是这一时期学术发展的代表著作，对后世医学的发展产生了很大影响。宋代陈无择著《三因极—病证方论》，详细地阐述了“三因致病说”，把复杂的致病因素概括为外因、内因、不内外因三类，发展了《黄帝内经》及《金匮要略》的病因理论，使中医的病因学理论更加系统化。金元时代涌现了各具特色的学术流派，其中刘完素、张从正、李杲、朱震亨四位因其学术的重要性，被尊称为“金元四大家”。刘完素以火热立论，认为“六气皆从火化”、“五志过极皆能化火”，用药以寒凉为主，被后世尊为“寒凉派”。他的学术思想对温病学派的创立有启迪作用。张从正认为病由邪生，邪去正安，用药以攻邪为主，对汗、吐、下的祛邪之法有所发挥，后世尊为“攻邪派”。李杲提出“内伤脾胃，百病由生”的观点，治疗以补脾胃为主，后世尊其为“补土派”。朱震亨倡导“相火论”，提出“阳常有余，阴常不足”的重要观点，治病以滋阴降火为主，是“滋阴派”的代表。金元时期的四大医家，立论不同，但互有发明，各具创见，分别从不同的角度丰富了中医学的内容，促进了中医理论的发展。明代吴又可著《瘟疫论》，提出“异气”致病观点，为中医传染病学的形成与发展做出了重要贡献。清代叶桂在继承明代温病学成就的基础上，创立了“卫气营血辨证”的方法。清代吴瑭所著的《温病条辨》提出的“三焦辨证”的新思路。明代温补学派的代表医家赵献可、张介宾等提出的“命门学说”，丰富了藏象学说的内容。清代的王清任重视解剖，所著的《医林改错》，修正了前人在人体解剖方面的一些错误认识，并发展了瘀血致病的理论，对中医基础理论的发展产生了积极的影响。
（二）临床医学
自东汉张机的《伤寒杂病论》奠定了辨证论治的诊疗思路以后，两晋隋唐时期的中医临床医学，逐渐趋向于学科分化，向专科化发展。南北朝时期，北齐徐之才首次提出了“十月养胎法”。唐代孙思邈在《千金要方》中对妇女的经、带、胎、产诸疾论之甚详。唐末昝殷在继承前人经验的基础上，著成现存最早的妇产科专书《经效产宝》。宋人陈自明的《妇人大全良方》，更是影响深远、内容丰富的妇产科专著。内科学的发展更为显著。《诸病源候论》详列内科病候达条，其中对绦虫病、蜣虫病、麻风病的研究达到较高水平。《千金要方》记载的谷白皮治脚气、消渴病的饮食疗法及饮食宜忌等，均反映了唐代以前内科发展的水平。明清时期温病学派的形成，标志着中医学对传染性热病的认识水平。明朝张介宾提出内科疾病“两纲六要”的辨证思路，为“八纲辨证”的创立奠定了基础。此外，南齐龚庆宣的《刘涓子鬼遗方》，元代危亦林所撰《世医得效方》，明代陈实功的《外科正宗》等，代表了外科学的发展水平。宋代钱乙的《小儿药证直诀》是现存最早的儿科专著。金代宋慈撰写的《洗冤集录》是世界上最早的一部法医专著。
（三）药物学
继《神农本草经》之后，南北朝雷敩的《雷公炮炙论》，反映了汉以后药物加工技术的水平。陶弘景的《神农本草经集注》，总结了魏晋时期药物学发展的成就，载药种。唐代医药学有了较大的发展，各地使用的药物已达千种。唐显庆四年，政府颁行了由李勣、苏敬等主编的《新修本草》，又称《唐本草》，是世界上最早的药典，比欧洲《纽伦堡药典》早多年。全书收录药物种，附有药物图谱，并加以文字说明，开创了世界药物学著作图文对照方法的先例。此后，陈藏器编撰了《本草拾遗》，详细地描述了辨识药物品类的方法，补充了大量民间药物。唐至五代，孟诜的《食疗本草》补充了食物药。李珣的《海药本草》增添了泊来药物，扩大了药物研究的范围，丰富了中药学的内容。宋代应用的药物种类大幅度地增加，重视道地药材和质量规格，尤其是对生药鉴别及药物生长环境的研究有了很大的发展。这一时期将药物配伍禁忌总结为“十八反”、“十九畏”，并为后世所遵循。北宋政府组织重修本草，如公元年刊行了《开宝本草》，公元年刊行了《嘉祐补注本草》，公元年刊行了《本草图经》等。这一时期还出现了个人的本草专著，尤为突出的是蜀中世医唐慎微，在继承宋以前历代本草研究成就的基础上，广集民间方药经验，收录古方、经史杂家、佛书道藏中记载的有关药物知识，著成规模空前的《经史证类备急本草》，收载药物种，有很高的文献价值。此书后经政府多次修订增补，于年修订时更名为《重修政和经史证类备急本草》，载药种，成为宋代最完备的本草专著，在中国医药史上占有极为重要的地位。
金元时代的张元素重视药物气味厚薄和升降浮沉关系的研究，倡导药物“归经”、“引经”的观点。明清时期有大量的本草书籍涌现，以李时珍的《本草纲目》成就最大，在国内外的影响最为深远，载药种，绘图余幅，附方0余首。李氏采用了当时最先进的自然分类法，将收载的药物分为16部，62类。清代杰出医学家赵学敏的《本草纲目拾遗》，对药物形态的描述和功效用法的记载，都较翔实可靠，大大丰富了我国药学宝库。综上所述，中药学自汉代至清末，每个时期各有成就，历代相承，日渐丰富与成熟，历代累计的药学著作达余种。
（四）方剂学
方剂学是专门研究方剂配伍规律及临床应用的学科。最早记载方剂的书籍是《五十二病方》，载方余首。《黄帝内经》载方13首，剂型有汤、丸、酒、膏，书中已有君、臣、佐、使和七方（大、小、缓、急、奇、偶、复）的组方原则，奠定了方剂学的理论基础。《伤寒杂病论》总结了汉以前临床实践经验，创造性地融理、法、方、药于一体，辨证明确，立法严谨，组方全面而精当，是时至今日处方用药的臬圭，后世尊为“方书之祖”。晋代《肘后备急方》以急症方为主，首创臌胀病的“筩针”放腹水疗法。唐代孙思邈《千金要方》载方首，多为仲景之方及历代验方，首创葱管导尿术。王焘的《外台秘要》载方首，其中载有已佚的唐以前历代方书内容。宋代著名的大型方书有《太平圣惠方》和《圣济总录》，前者载方首，是第一部国家组织编著的方书，后者载方2万多首，是一部医、法、方、药齐备的医学巨著。还有国家“太医局熟药所”颁布的处方规范著作《太平惠民和剂局方》，虽然载方仅为首，却是第一部成药典籍。金元时期医学流派纷呈，丰富和发展了方剂学的内容。明清时期，从制方到方论，从分类到歌诀，都有很大的发展，其中资料最为丰富的是明代朱编著的《普济方》，收载了十五世纪以前所有方书的内容，载方首。清代汪昂的《医方集解》、吴仪洛的《成方切用》，对每方的证治机理和组方原则都作了详细的阐述。
（五）针灸学
据《左传》记载，早在春秋战国的医缓、医和就擅长于针灸疗病，扁鹊运用针灸抢救重危急证。《黄帝内经》以前就有《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》的文献，反映了针灸理论的古朴面貌。《黄帝内经》中详述了经络、腧穴、针法、灸法内容，尤其是《灵枢经》，对针灸学作了较系统的总结，故其初名为《针经》。《难经》完善和补充了“奇经八脉”及针刺方法的内容。晋代皇甫谧所撰的《针灸甲乙经》，是现存最早的针灸学专著，确定了个腧穴的部位、主治和刺治方法。北宋王惟一于年撰成《铜人腧穴针灸图经》，并铸造2具针灸教学的铜人模型。元代滑伯仁著《十四经发挥》，对后世针灸理论的发展有重要的影响。明代杨继洲撰著的《针灸大成》，汇集了历代研究的成果，是后世研习针灸的重要文献。清代吴谦主持编撰的《医宗金鉴·刺灸心法要诀》，是当时政府主编的第一部针灸教材，对针灸学的普及和推广产生了积极的作用。