公元年，明代医药学家李时珍集16世纪前中药学之大成，历时近30年编成《本草纲目》。全书共有多万字，记载了种药物，分成60类。其中种是李时珍新增加的药物。绘图多幅，并附有0多个药方。《本草纲目》被誉为东方医学巨典，是我国医药宝库，以论药材为主，本草纲目纠正了前人的许多错误之处。
学术价值
《神农本草经》将东汉以前零散的药学知识进行了系统总结作为中国第一部药物学专著，影响是极为深远的。《本经》首次提出了“君臣佐使”的方剂理论，提出的“七情和合”原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用。
书中对于药物性质的定位和对其功能主治的描述十分准确，其中规定的大部分药物学理论和配伍规则，到今天，也仍是中医药学的重要理论支柱。《本经·序录》认为：药“有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者。凡此七情，合和视之。”这就是药物配伍理论中“七情和合”的源头，指药物配伍中的特殊关系。
纲目体系
古人云：物以类聚，人以群分。药物分类也是由来已久。在药物分类上贡献最大的人当属明代医药学家李时珍。《本草纲目》在废除三品分类法、改变部类的基础上，建立了16部60类分类法，使全书结构井然有序，面貌焕然一新。
16部
水部、火部、土部、金玉部、草部、谷部、菜部、果部、木部、服器部、虫部、鳞部、介部、禽部、兽部和人部。
60类
水部有天水、地水两类；
火部有火类；
土部有土类；
土金石部有金、玉、石、卤石4类；
草部有山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔草、杂草、有名未用10类；
谷部有麻麦稻、稷粟、菽豆、造酿4类；
菜部有荤辛、柔滑、瓠菜、水菜、芝耳5类；
果部有五果、山果、夷果、瓠果、水果6类；
木部有香木、乔木、灌木、寓木、苞木、杂木6类；
服器部有服帛、器物两类；
虫部有卵生、化生、湿生3类；
鳞部有龙、蛇、鱼、无鳞鱼4类；
介部有龟鳖、蚌蛤两类；
禽部有水禽、原禽、林禽、山禽4类；
兽部有畜、兽、鼠、寓、怪5类；
人部有人类。
从分类来看，李时珍完全摒弃了上、中、下三品分类法，采用的分类依据是习性、形态、性质、生态等。
李时珍按照“析族区类”的分类原则，在类之下还分有若干族。凡是亲缘关系相近的植物，李时珍都尽量将它们排列在一起，如草部山草类的柴胡、前胡、防风、独活、羌活、土当归等属伞形科植物；芳草类的廉姜、山姜、豆蔻、姜黄、郁金等属姜科植物；果部山果类的梨、棠梨、木瓜、山楂、林檎、枇杷、樱桃等属蔷薇科植物。
有学者认为，《本草纲目》这本书的名称反映了它的科学体系结构的基本特点，即以纲带目，纲举目张。这个评价应该说是比较公允的。从本草学的角度来看，李时珍的分类方法博而不繁，条理清晰，结构严谨，不但给人以鲜明印象，而且更加接近现代的科学认识。
泉神汤“本草上河图”博物学著作
本书不仅是一部药物学著作，还是一部具有世界性影响的博物学著作，书中涉及的内容极为广泛，在生物、化学、天文、地理、地质、采矿乃至于历史方面都有一定的贡献。正如李建元《进本草纲目疏》中指出：“上自坟典、下至传奇，凡有相关，靡不收采，虽命医书，实该物理。”
进化论思想
书中已有进化论思想，它关于动物的分类，是按照由低级到高级的进化顺序排列的。李时珍已认识到生物对环境的适应性，提出某些动物“毛协四时，色合五方”。