本草著作中记载的中药功效，主要总结于临床疗效，这是毋庸置疑的。但受多元文化的影响，有的内容也不尽如此。本草学在发展的进程中，不断吸收不同历史时期的先进思想、文化和科学技术，同时，也不可避免地会受到其历史局限的制约。中药功效的总结，从理论上讲应该源于医疗实践，但受到多元文化的影响，加之本草专著的功能定位，历来并不限于收录愈病之用，其中会夹杂一些宗教超自然臆测、神灵的崇拜及市井风俗的取向。尽管随着本草学术水平的演进，内容的不断去粗取精，上述影响已越来越小，但弄清其历史和现状，对于客观而准确地认识中药功效，仍是非常必要的。
医药的起源，一直是医史学家关心并存在争议的问题，“医源于巫”也曾被一些人所接受。大多数医史学家认为：“从历史唯物主义的观点来看，一切科学知识都来自人类的社会实践和物质生产的需要，医学也是如此。”中药的来源也不例外，在流传悠久的“神农尝百草”的故事中，其“尝”字的精心选用，正好反映了“草”之所以能成为“药”，必须经历人们生产和生活这一“尝”的实践过程。医药起源于巫术的观点违背了客观实际，这是显而易见的。
但是，早期的中国原始人，由于生产水平和认识能力十分低下，对于诸如雷电、梦幻之类的自然和生理现象不可能理解，因此产生了巫术。原始社会末期，有了初步的社会分工和资源的私有关系，出于氏族掌控者维护私利和大众自然崇拜的需要，催生了专门从事祭祀和祈祷活动的“巫”。另一方面，巫也掌握了一些医药知识，并给医疗活动披上了神秘的外衣，通过巫术活动给人治病，这些人亦巫亦医，被后人称为“巫医”。
由于巫的影响，先秦时期，对于药物功效的记载，有相当一部分并非源于医疗实践，而是出于巫术。如成书于周代的《山海经》，虽然不是医药专著，但涉及药物余种，其中有使人“多力”、“善走”的强壮药，使人“不忘”的益智药，使人“不夭”的延年药，食之或佩之能“宜子孙”的助生育药，食之“使人无子”或“不子”的避孕药，食之可以“无大疾”、“无疫疾”、“无疠”或“御疫”的预防药，服之“令人色美”、“媚于人”的美容药，食之使人“无卧”、“不睡”的醒神药以及毒鼠、毒鱼和治疗牛马之药。同时，也有服之、用之可以“御兵”、“御水”、“御火”、“御凶”、“入水不溺”、“入山不迷”之类的“巫药”。
后世本草虽然不断摒弃了此类不实之词，但龙骨主“鬼疰、精物、老魅”，石膏“除邪鬼”，太乙余粮能使人“飞行千里”，丹砂“杀精魅邪恶鬼”等等，不仅与巫用有关，而且长期存在于《神农本草经》之中。后世不少文献也有类似文字，如《本草纲目》茯神条下转引甄权“辟不祥”等语；转引陈藏器“天子藉田三推犁下土：藏之，入官不惧，利见大官，宜婚市。王者封禅五色土次之。”均应属于同类。
这种巫与医兼施的做法，在方书中也有反映，如唐代王焘的《外台秘要》转载《删繁方》治疗难产，以桃仁一枚，分为两片，其一片内侧写上“可”字，另一片写上“出”字，然后将两片相合让产妇吞下去。另外，孙思邈《千金方》称：“戊子日，取东引桃枝二七寸枕之。又方：五月五日日未出时，取东引桃枝刻作三寸木人，着衣领带中佩之。”可“令耳目聪明”。
在秦汉时期，掺杂有方士的幻想和道家的宗教主张。我国现存最早的药学专著《神农本草经》，一直被誉为药学的经典，迄今仍具有巨大的文献价值、理论价值和实用价值。但道家和方士的负面影响也不应低估。当时业已使用的药物甚多，而只取种以应周天之数，可算一例。其影响最大者，莫过于一些药物功用的记载。概述将丹砂（即朱砂）排列在“主养命以应天，无毒，多服久服不伤人，欲轻身益气，不老延年”的上品之首。主要化学成分为硫化汞（HgS）的朱砂，本为有毒之药，自不待言；何以被奉为“上品”，自然囿于方士的鼓吹。再看其功用的记载：“主身体五脏百病，养精神，安魂魄，益气，明目，杀精魅、邪恶鬼，久服通神明，不老；能化为汞。”其中，“能化为汞”，当是总结于化学中的分解反应，与医药没有关系。其他功用中的若干不实之词，也是显而易见的。
至于所言的“轻身”、“不老”，现在有的人将其等同于减肥或延缓衰老，不能排除某些药物的确存在这样的作用，但巧合的因素更为主要。究其本意，“轻身”是“有使身轻举的意思”，此用法源于道家，“道家称不食五谷，服药行气，可使身轻举。”《史记留侯世家》：“乃学辟谷，道引轻身。”仅从字面上理解，“轻身”的确含有使身体“轻健”，甚至于能“轻举”的意思，但道家的本意，恐怕主要是强调一种内心领悟而引起的身体感受，因为道家和其他宗教一样，提倡要用心去觉受，其教义也是服务于人心的，“轻身”也就是属于心理学范畴的用语了，要视为药物作用的表述，不尽妥当。“不老”也与从事求仙、炼丹的方士所称的“不死药”有关，古代方士称这类药服之可以长生不老。受其影响，《本草纲目》认为：“发乃血余，故能治血病，补阴。”从中也不难发现其与道家、方士的关系。清代本草学家周岩就十分中肯地指出这类“功效”的不可信，他在所著的《本草思辨录》中说：“《本经》有自还神化一语，不得其解，遂附会其说，或谓补真阴，或谓益水精，曾是通关格之物而能有补益之实耶？”但其对药物功效认定的影响，至今仍未完全消除。
两宋之后，法象药理的盛行，除了解释药效机理之外，在药物功效表述中亦有表现，如质地重坠的矿物药和动物甲壳、骨骼类的安神药或平肝潜阳药，习惯于在“安神”或“潜阳”的功效之前加上“重镇”或“镇心”、“镇肝”等属于药材性状范畴的用语。至今，一些中药著作（甚至包括教材）普遍沿用，并且用以分类安神药。这种分类，至少有两个方面的弊端是不可回避的。其一，当代临床类中药学的分类早已达成共识，其唯一的标准应该是采用“功效分类”。“重镇”是性状而不是“功效”，这样一来，导致了分类的不严谨、不科学。其二，现安神药两分为“重镇安神”和“养心安神”，则合欢、远志等药没有归属。其本为植物的皮、根或花，质地较轻，不能称为“重镇”；对于人体气血阴阳的虚衰，实无补养之效，现将它们列于“养心安神药”一节，又岂能名实相符？不过，“重镇安神”一说也不是一无是处，至少可以提供药材性状方面的信息。
再有蝉蜕的“明目退翳”功效为哪位高人的创意，已难以考究，其实也没有深究的必要。但不可思议的是有人将此视为不刊之论，不容许任何改动。如果有人在著书立说或考试的回答问题中，称蝉蜕具有“清肝明目”的功效，就会被认为大逆不道。我们回忆一下，在中医眼科学中“翳”为何物？“翳”是指因肝火或肝经风热上炎所产生的一种遮蔽视线的白斑，就是现在所说的角膜炎性溃疡或化脓性感染。“退翳”一说应源于法象药理，由于该药材为蝉科昆虫黑蚱羽化时脱落的皮壳，有人因而产生了此物具有向外蜕膜的药效作用。反观临床，眼翳是通过服药而蜕掉的吗，肯定不是！那么，蝉蜕在治疗眼科疾病中，是怎样发挥疗效的呢？张寿颐先生早就指出：“目之翳膜，儿之痘疮，实热为多，（蝉蜕）寒能胜热，是以主之。”也就是说蝉蜕能归肝经，以其偏寒之性而除肝热以恢复目视，其相应的功效自然也是“清肝明目”。这里讨论的目的，绝没有要废止使用“明目退翳”的意思，只是表明将其改称“清肝明目”未尝不可。认识中药功效，要实事求是，不要过于机械。教学中一定要学生死死记住蝉蜕是“明目退翳”之物，而非“清肝明目”之品，你能自圆其说吗？如果和菊花、桑叶、密蒙花、青葙子诸药一样，统一为相同的功效术语，岂不是于教于学皆有好处，又可与用药实际相符合，我们又何乐而不为呢？
近年中国中医科学院医史文献著名专家郑金生先生提出，在中药功效中还有一类“风俗药效”，并认为最典型的例子是合欢与萱草。“汉魏两晋之时，合欢蠲忿，萱草忘忧，是贤愚共知的常识。所以庭院种植合欢，也是缘于此古代习俗。这两种植物的蠲忿与忘忧作用，是因为它们的名称可以帮人表达感情，而不是口服它们可以产生改变情绪的功效。”笔者完全赞同这一观点，如果说确有那么一点“宁心安神”之效，也是基本上可以忽略不计的。令人遗憾的是这类“功效”，至今没有更多的同行去质疑。