1、名称变迁
柴胡最早载于《神农本草经》，列为上品，名茈胡，又名地薰。
《名医别录》载三名：“一名山菜，一名茹草，一名芸蒿”；
魏晋吴普《吴普本草》称其为山菜、茹草；
西晋张华《博物志》中称芸蒿；
南北朝雷敩《雷公炮炙论》称茈胡；
唐苏敬《新修本草》首次出现柴胡之名；
宋时期《本草图经》中首次以“柴胡”为正名；
明刘文泰《本草品汇精要》称柴草；
明李时珍《本草纲目》认为“柴胡嫩苗可食用，及其老后其根似柴，故根名柴胡。”自此正式称柴胡并沿用至今。
2、基原略考
现行年版的《中国药典》规定柴胡的正品基原为伞形科植物柴胡或狭叶柴胡的干燥根，按性状不同，分别习称“北柴胡”和“南柴胡”。
由于柴胡属植物品种多，如中国伞形科植物分类奠基人单人骅，对中国柴胡属植物的分类学研究进行了归纳总结，认为中国存在36种柴胡，由于种间的形态相似度高，且柴胡属植物有时是数种混杂生长，因此不仔细甄别，很难进行区分，这些因素导致古代医家在使用柴胡时，很可能将不同品种的柴胡混用或者误用其他属植物。因此历代本草中记载的柴胡较为复杂，即便是现代，各地柴胡种类也不统一。
从现存的医书典籍来看，汉至唐时期柴胡的药用功效是比较一致的，从柴胡功效一致性描述应该可以得出这一时期所用的柴胡应为功效相似的一类柴胡属植物，具体包括哪些柴胡物种则不能确定。比较有意思的争议是，仲景所用柴胡到底是现今药典所载柴胡还是现今之前胡。
3、柴胡与前胡
张仲景经方中所用柴胡，应《神农本草经》所载为准，但《本经》并没有柴胡一药的记载，所记载者均为“茈胡”。“茈”古通“紫”，汉代以后转通为“柴”，所以《本经》所言的“茈胡”到底是什么药，医家向来争议不少。
有一种观点认为，仲景时代所用柴胡当为现如今之白花前胡。
本草著作中出现单独前胡条目，应该始自陶弘景，陶云“《本经》上品有茈胡而无此（指前胡），晚来医乃用之”。陶弘景将“前胡”单独列出来，在强调其与柴胡二者“为治殆欲同”外，又对其功用描述有所区别，认为柴胡、前胡均能去胸腹中结气、伤寒寒热、痰热结实等。但柴胡主“除伤寒，心下烦热，诸痰热结实，胸中邪逆”，而前胡主“痰满、胸胁中痞、心腹结气、风头痛、去痰实、下气”。
但后世及现代有人认为，陶弘景搞混了“茈胡、前胡、柴胡”三者之间的关系，提出的依据大约如下：
《名医别录》：载有三名：“一名山菜，一名茹草，一名芸蒿”。
《博物志》云：芸蒿叶似邪蒿，春秋有白蒻，长四五寸，香美可食，长安及河内并有之；《夏小正》云：正月采芸，月令云仲春芸始生；《吕氏春秋》云：菜之美者，华阳之芸，皆即此也。
《齐民要术》引《仓颉解诂》说：芸蒿，叶似斜蒿，可食。
如果采信以上这些文字描述，那么还真是更近似今之白花前胡的叶子，而今所谓柴胡，不论是南柴胡、北柴胡、银柴胡，其叶子都与邪蒿相去甚远，所以有人提出《本经》所说的“茈胡”极有可能就是白花前胡。
邪蒿
柴胡
白花前胡
另有一个重要依据是文献，《外台秘要》记载并收录了南北朝时期经方名家胡洽所用大小前胡汤，如下：“小前胡汤，疗伤寒六七日不解，寒热往来，胸胁苦满，默默不欲饮食，心烦喜呕，寒疝腹痛方。胡洽云出张仲景，古今录验同。仲景方用柴胡不用前胡。前胡（八两）半夏（半升洗）生姜（五两）黄芩人参甘草（炙各三两）干枣（十一枚擘）上七味切，以水一斗，煮取三升，分四服，忌羊肉饧海藻菘菜。大前胡汤，疗伤寒八九日不解，心腹坚满，身体疼痛，内外有热，烦呕不安方。胡洽云出张仲景。前胡（半斤）半夏（半升洗）生姜（五两）枳实（八片炙）芍药（四两）黄芩（三两）干枣（十二枚擘）上七味切，以水一斗，煮取三升，分四服，日三夜一服。忌羊肉饧等物。”两个方子，虽然药量上微有出入，但是仲景《伤寒论》用药组方一致，尤其胡洽本人是南北朝人，较陶弘景更接近张仲景那个时期，因此可能更容易能看到《伤寒论》的最早著作，他说这两个方子出自张仲景，称大小前胡汤，可信度不低。
有学者分析宋代医书中描述的柴胡形态和功效判断，宋朝时期医书中所指的柴胡，应该是伞形科狭叶柴胡、银州柴胡和石竹科银柴胡等植物的总称。宋之后，本草典籍的数目显著增加，涌现出许多有名的中医。此后的医书对柴胡药用品种进行了进一步区分，并指出柴胡药材出现了混杂、掺假等现象。此时期的医书对不同形态柴胡的药用功效有了更加详细的认识，当时药用主流柴胡应该包括石竹科银柴胡和伞形科狭叶柴胡、银州柴胡3类。石竹科银柴胡在清代之前都是按照柴胡的名称进行使用。近现代由于现代分类学知识的传入和发展，对柴胡属植物的形态特征已有清晰的描述。近几十年，《中国药典》规定了柴胡药材的基原植物，但在各地区仍沿用其习用种。习用种之间受基原植物种间差异、生长环境、异地调种、栽培措施等因素的影响，形态特征变异较大，导致药用柴胡种质鉴定困难及种源混乱。
4、柴胡与银柴胡
银柴胡应为今之石竹科植物银柴胡，这可能是由于石竹科银柴胡与银州柴胡生境重叠，未开花时二者的形态较相似。同时由于银州产柴胡的品质从宋朝开始备受医家推崇，到明代时，野生资源已经变少且不能满足用药需求，以至于出现了石竹科银柴胡在市场上全面代替柴胡入药的现象。
直到清赵学敏《本草纲目拾遗》才将石竹科银柴胡从柴胡中作为一种新药材列出，厘清了银柴胡与柴胡的使用混乱，认为二者“不可混用”。
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